При рефрактерной эпилепсии хирургическое лечение может быть рассмотрено после локализации очага заболевания. Традиционная операция включает в себя краниотомию для удаления «эпилептогенного очага» или перекрытия проводящего пути, что является инвазивным лечением и несет определенные риски, в то время как Гамма-нож — это точно рассчитанное и сфокусированное облучение очага. Согласно современному опыту, обычно используется меньшая доза облучения, которая не разрушает ткани мозга и не наносит серьезного ущерба нормальной функции тканей мозга, а лишь подавляет аномальные чрезмерные разряды, тем самым достигая цели лечения эпилепсии. Однако, поскольку череп не вскрывается, локализация очага припадка особенно важна, и, исходя из опыта, только небольшой процент пациентов может быть вылечен с помощью гамма-ножа.