Обычно не поддающиеся лечению как врожденное состояние, аномалии Y-хромосомы с микроделециями могут влиять на фертильность мужчин. Клинически распространенные делеции Y-хромосомы A, B и C могут влиять на нервную функцию яичек, приводя к азооспермии или тяжелой олигоспермии, что, в свою очередь, влияет на нормальную мужскую фертильность, но не влияет на остальное мужское здоровье или сексуальную функцию. Для пациентов с требованиями к фертильности для получения потомства требуется ЭКО или другие вспомогательные репродуктивные методы. Если у пациента имеется микроделеция Y-хромосомы, приводящая к азооспермии, это потребует хирургического вмешательства для поиска сперматозоидов, а затем ЭКО. В случае делеций Y-хромосомы A и B вероятность нахождения сперматозоидов низка и хирургическое вмешательство не рекомендуется, в этом случае потомство может быть получено через банк спермы донора. В случае делеции региона С Y-хромосомы сперматозоиды могут быть найдены с помощью микроспермограммы яичек. Обычно при микроделециях Y-хромосомы медикаментозное лечение не рекомендуется, так как оно неэффективно и не может быть использовано для изменения делеции хромосомы, а также для улучшения функции нервов яичек.