Большинство внутричерепных инфекций можно вылечить. Например, вирусные внутричерепные инфекции излечиваются, когда возбудители в спинномозговой жидкости убиваются путем введения достаточного количества и курса противовирусных препаратов. У некоторых пациентов после внутричерепных инфекций могут быть серьезные повреждения тканей мозга, и после уничтожения патогенных микроорганизмов, то есть после излечения, у них могут оставаться рецидивирующие припадки или снижение интеллекта, например, слабоумие, или паралич конечностей, которые не поддаются лечению. Пока патогенные бактерии в мозге убиты и пройден полный курс лечения, болезнь излечена, но из-за более серьезного повреждения тканей мозга или более длительного течения болезни она может оставить после себя последствия. Существует также особый вид внутричерепной инфекции, а именно ВИЧ-инфекция, которая также может достигать тканей мозга после длительного заражения, но ВИЧ сам по себе является неизлечимым заболеванием, поэтому если внутричерепная инфекция вызвана ВИЧ, эффект от лечения может быть не очень хорошим.