Спорозоиты часто вызывают инфекцию, когда иммунная система организма ослаблена. К уязвимым группам населения относятся больные СПИДом, пациенты, находящиеся на длительной иммуносупрессии, и пациенты с онкологическими заболеваниями в последней стадии. Легкие часто вовлекаются в процесс, и клиническими проявлениями является раздражающий кашель, в основном сухой. Он может сопровождаться лихорадкой, обычно высокой, и прогрессирующей одышкой после активности. Визуализационные исследования могут выявить диффузные, стекловидные изменения в обоих легких. Анализ газов крови часто указывает на трудноизлечимую гипоксемию, а лечение обычным кислородом и антибиотиками против инфекции обычно неэффективно. У пациентов без аллергии на сульфаниламиды лечение комбинированным сульфаметоксазолом может быть очень эффективным. У некоторых пациентов со значительной гипоксемией для лечения может также использоваться комбинированный метилпреднизолон.