Эктопическая беременность может возникнуть при любом методе вспомогательного зачатия, включая ЭКО. Это связано с тем, что даже если эмбрион помещается в полость матки, ему все равно необходимо перемещаться по полости матки, чтобы выбрать подходящее место для имплантации. Если эмбрион перемещается в маточную трубу, то при нормальном функционировании труба может доставить эмбрион в полость матки посредством перистальтики; однако если труба функционирует ненормально (например, воспалительные спайки, стеноз, слишком длинная и тонкая), то после перемещения эмбриона в маточную трубу может наступить внематочная беременность. Кроме того, вероятность внематочной беременности может увеличиться, если в полости матки имеется воспаление эндометрия или спайки, которые мешают эндометрию принять эмбрион.