Гастроскопия не подвержена перекрестному инфицированию. Перед гастроскопией каждая полоска гастроскопа проходит строгую стерилизационную обработку, чтобы эффективно предотвратить возможность перекрестного инфицирования. Перед гастроскопией каждый пациент должен пройти тест на наличие антител к гепатиту В, гепатиту С, сифилису и ВИЧ, также для эффективного предотвращения возможности перекрестного инфицирования. Каждый гастроскоп строго соблюдает систему обеззараживания перед исследованием, что не вызывает беспокойства и вполне может предотвратить возникновение перекрестной инфекции. В то же время, в клинической практике, для некоторых пациентов с гепатитом В, сифилисом и СПИДом обследование обычно проводится в конце, а некоторые больницы также подготовят специальные зеркала для обследования. Применение этих мер позволило в значительной степени избежать вероятности перекрестного заражения, поэтому при проведении гастроскопии перекрестного заражения не будет.