Помимо распространенных бактериальных и вирусных инфекций, очень часто встречаются и грибковые инфекции. В последние годы в связи с широким применением антибактериальных препаратов широкого спектра действия, глюкокортикоидов, цитотоксических препаратов, иммунодепрессантов, развитием трансплантации органов и увеличением числа больных СПИДом наблюдается значительная тенденция к увеличению числа легочных грибковых больных. Распространенными грибками являются Candida pneumoniae, Aspergillus pneumoniae и Cryptococcus pneumoniae. После заражения этими грибками у пациентов может развиться высокая температура, хрипы, одышка, усталость, ночная потливость, одышка и даже кровохарканье. Для лечения грибковых инфекций обычно используются такие препараты, как амфотерицин В, вориконазол, итраконазол, каспофунгин и др.