Трансвагинальная перегородка — это врожденный дефект. Поперечная вагинальная перегородка — это пластинка влагалища, которая развивается во время эмбрионального роста от мочеполового синуса, луковицы влагалища, по направлению к цефалическому концу, и препятствует его люминализации снизу вверх, не проходит или не полностью люминализируется. Она часто возникает на стыке верхней и средней трети влагалища, но также в любом месте влагалища, вплоть до верхушки влагалища, около шейки матки. Полная поперечная перегородка встречается редко и может привести к атрезии влагалища; обычно в центре или сбоку перегородки имеется небольшое отверстие, размер которого варьируется. Поперечная влагалищная перегородка является результатом того, что влагалищная пластинка, развивающаяся во время эмбриональной жизни из мочеполового синуса, луковицы влагалища, которая разрастается и растет в цефалическом направлении, оказывается заблокированной во время люминализации снизу вверх, при этом поперечная влагалищная перегородка не проникает или не полностью люминизируется. Часто возникает на стыке верхней и средней трети влагалища, но может встречаться и в любом месте влагалища вплоть до кончика влагалища, около шейки матки. Это может быть связано с тем, что каудальный конец парамедианной трубки с обеих сторон не соединен с мочеполовым синусом. Полная поперечная перегородка встречается редко и может привести к атрезии влагалища; обычно в центре или на боковой стороне перегородки имеется небольшое отверстие, размер которого варьируется и которое мешает дренажу влагалищной жидкости и менструальной крови.