Толстый кишечник также известен как толстая кишка, а часть, расположенная рядом с анусом, называется прямой кишкой, к которой в таком порядке присоединяются сигмовидная кишка, нисходящая кишка, поперечная кишка и ободочная кишка. Кишка соединена с терминальной частью подвздошной кишки (часть тонкой кишки) через илеоцекальное отверстие, которое также известно под общим названием илеоцекальная часть. Стенки желудочно-кишечного тракта похожи на стены дома и имеют несколько слоев: слизистый слой около кишечной полости похож на штукатурный слой стены, подслизистый слой — это промежуток под штукатурным слоем, а под ним находится lamina propria, которая является несущей структурой пищеварительного тракта и похожа на кирпичный слой стены. Легко понять воспалительное заболевание кишечника, понимая эти структуры: язвы — это штукатурный слой стенки, который разрушается. Из-за хронического диффузного воспаления слизистого слоя нормальная слизистая не видна в штукатурном слое пораженной кишечной стенки, которая в основном представляет собой сплошное поражение, а внутренний мышечный слой кишечной стенки вовлечен незначительно, поэтому язвы обычно не настолько глубоки, чтобы вызвать перфорацию, свищи, стриктуры или обструкцию. Изъязвление похоже на разрушение штукатурного слоя стены, причем поражение становится тем тяжелее, чем ближе к анусу, некротическая экссудация слизистого слоя проявляется диареей, кровавым стулом или появлением соплевидной слизи в стуле. В случае болезни Крона поражается вся кишечная стенка, что означает, что вся стенка разрушена, поэтому язвы глубокие и могут легко проникать в кишечную стенку, вызывая перфорацию, свищи, утолщение всей кишечной стенки или образование рубцов, которые могут легко вызвать стриктуру или обструкцию.