Пациенты с атрезией склонны к нарушению функции кишечника и учащению стула. У пациентов с анальной атрезией средней и высокой степени тяжести последствия после операции в основном связаны с функцией кишечника, и пациенты с анальной атрезией склонны к таким симптомам, как агенезия прямой кишки, агенезия или дисплазия анального канала. Пациенты с анальной атрезией средней и высокой степени подвержены нарушениям функции кишечника после операции, а некоторые из них склонны к таким проявлениям, как неспособность контролировать стул и повышенная частота стула. Некоторым пациентам приходится делать лапаротомию, что может легко привести к образованию кишечных спаек после лапаротомии, а в тяжелых случаях может привести к кишечной непроходимости, что требует повторного хирургического лечения.