Анальная атрезия — это врожденная аномалия, точная причина которой неизвестна, а эффективные средства профилактики до сих пор отсутствуют.
В настоящее время считается, что анальная атрезия может быть связана с генетическими факторами, а также с вирусными инфекциями на ранних сроках беременности, воздействием вредных химических веществ, загрязнением окружающей среды и недостатком питания. Избегание инфекций во время беременности, отказ от табака и избегание воздействия химических веществ могут помочь снизить частоту возникновения этого состояния, а материнское тестирование и скрининг во время беременности также могут помочь в ранней диагностике.