Если после адекватной медикаментозной терапии кератит остается неконтролируемым, стромальная ткань роговицы под воздействием сложного сочетания бактериальных токсинов и иммунологических факторов продолжает некротизироваться и отслаиваться, язва продолжает прогрессировать все глубже и глубже, более того, возникает перфорация в месте язвы роговицы. Если не провести терапевтическую пересадку роговицы, то воспаление быстро распространится на глаз, что в конечном итоге приведет к полной офтальмоплегии и потере глаза. Если пересадка ламеллярной роговицы проводится, когда поражение еще не охватило всю роговицу, можно удалить пораженную ткань и уменьшить послеоперационное иммунное отторжение. Если поражение уже охватило всю роговицу, проводится сквозная пересадка роговицы для полного удаления пораженной ткани и контроля воспаления, чтобы избежать перфорации роговицы и спасти глаз. Однако, поскольку пересадка роговицы проводится в состоянии сильного застоя и воспаления, существует вероятность рецидива воспаления после операции; кроме того, воспаление и застой повышают вероятность иммунного отторжения роговицы. Поэтому необходимо строго соблюдать послеоперационную медикаментозную терапию и своевременно проводить наблюдение.