Глубокий эндометриоз часто требует хирургического лечения, но поскольку он является более инвазивным, перед назначением операции необходимы четкие показания к хирургическому вмешательству. В настоящее время рассматривается возможность проведения операции у пациенток, чьи болезненные симптомы не поддаются медикаментозному лечению; у пациенток с увеличением локализации поражения, комбинированным эндометриозом яичникового типа и/или бесплодием; у пациенток с обструкцией или дисфункцией вследствие инвазии в такие органы, как кишечник и мочеточники; у пациенток со злокачественными поражениями органов малого таза, которые невозможно исключить; у пациенток с сохраняющимся поражением после менопаузы.