Глубокий эндометриоз может приводить к бесплодию, но механизм неясен и связан с такими факторами, как изменение иммунных факторов в микросреде таза. Предполагается, что у 93,5% пациенток с глубоким эндометриозом имеются тазовые спайки, что влияет на выработку фолликулов и трубную функцию сбора яйцеклеток и приводит к бесплодию.
Кроме того, некоторые исследования показали, что влияние эктопического эндометриоза на фертильность более выражено при его инвазии в кишечник, что может быть связано с изменениями в анатомии таза, вызванными инвазией поражения в ректо-маточную ловушку, что приводит к закрытию задней ловушки.