Глубокий эндометриоз не чувствителен к фармакологическому лечению. Имеющиеся в настоящее время препараты делятся на пять основных категорий: нестероидные противовоспалительные средства (НПВС), оральные контрацептивы, высокоэффективные прогестины, производные андрогенов и агонисты гонадотропин-рилизинг-гормона (ГнРГ-а).
Поскольку эффективность различных схем в основном одинакова, но побочные эффекты различны, при выборе препаратов важно в полной мере учитывать их побочные эффекты.
К перспективным препаратам относятся ингибиторы ароматазы, антагонисты гонадотропин-рилизинг-гормона и селективные модуляторы ПР.