Существует четыре причины инфекций мочевыводящих путей: во-первых, ретроградные инфекции, которые чаще встречаются у женщин, а возбудителем инфекции чаще всего является кишечная палочка. Во-вторых, инфекции через кровоток, которые обычно связаны с кариесом, тонзиллитом или фурункулами на коже. После того как бактерии попадают в кровь, они проникают в мочевыводящие пути через кровообращение и вызывают инфекцию; существуют также туберкулезные инфекции мочевыводящих путей, вызванные туберкулезными палочками, остающимися в почках через кровообращение. В-третьих, распространены прямые инвазивные инфекции, такие как тазовые абсцессы, гинекологические воспаления и даже аппендицит и аппендикулярные абсцессы, при этом бактерии непосредственно проникают в мочевыводящие пути и вызывают инфекции мочевыводящих путей. В-четвертых, реже трансуретральные инструменты, используемые в клинических целях, могут занести бактерии из-за плохой стерилизации, что приводит к инфекциям мочевыводящих путей.