Разные микроорганизмы могут вызывать совершенно разные заболевания, и процессы, в результате которых они повреждают организм, различны. Все мы знакомы с такими хроническими инфекционными заболеваниями, как туберкулез, гепатит, СПИД, бородавки, проказа, уретрит и т.д. Почему они сохраняются в клинической практике? Многие микроорганизмы не могут быть полностью очищены иммунным ответом, но большинство из них не являются смертельными для человека. Эти микроорганизмы сохраняются в популяциях сотни и даже тысячи лет, они высоко эволюционировали и достигли компромисса с иммунной системой человека. Они научились жить рядом с нами, они зависят от нас и используют нас для выживания. Например, гонококки имеют множество вариабельных антигенов, таких как белки волосков бактерий, которые кодируются несколькими различными генами, только один из которых может быть экспрессирован. Заглушенный ген время от времени заменяет ген, активированный ниже по течению от промотора бактериородопсина. Таким образом, он может помогать гонококкам уклоняться от специфических иммунных атак. Бледные спирохеты, вызывающие сифилис, имеют на своей поверхности инкапсулированные молекулы нашего человека, к тому же эти молекулы сбрасываются только после инфицирования тканей, поэтому эффективный гуморальный иммунитет развиться не может. Напротив, ВПЧ, вызывающий бородавки, практически не вызывает иммунного ответа, поскольку его трудно распознать иммунной системой организма.