Для пациентов с ранней диагностикой и лечением энцефалита, вызванного вирусом простого герпеса, прогноз лучше, и большинство из них могут быть вылечены, но у нескольких пациентов могут остаться последствия, и если пациенты не успевают своевременно или не получают лечения, их прогноз плохой, а уровень смертности достигает 60-80%.