Афлатоксин является одним из самых канцерогенных химических веществ, известных в мире, и в 1993 году Агентство по изучению рака Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) отнесло его к канцерогенам группы 1. Афлатоксин может мутировать кодон 249 гена-супрессора опухоли TP53, мутация которого редко наблюдается в других видах рака, кроме гепатоцеллюлярной карциномы, поэтому он тесно связан с развитием рака печени.
Кроме того, афлатоксин синергирует с инфекцией вируса гепатита В, тем самым повышая риск развития рака печени. Недавние исследования показали, что присутствие афлатоксина в рационе питания может также повышать риск развития рака желчного пузыря.