Подавляющее большинство кист щитовидной железы поддаются консервативному лечению и не требуют хирургического вмешательства. Лечение кист начинается с аспирации кистозной жидкости путем пункции. После удаления жидкости проводится тонкоигольная пункция паренхиматозной части кисты для определения ее природы. Если результат доброкачественный, показано только наблюдение или тироксиноподавляющая терапия. Если в жидкости кисты или в паренхимальной части абсцесса обнаружены раковые клетки или подозрительные раковые клетки, необходимо хирургическое лечение. Поскольку кисты щитовидной железы в большинстве случаев являются доброкачественными, их можно лечить консервативно без операции, включая простую тонкоигольную аспирацию, если киста излечивается после одной аспирации, а в других случаях, если киста рецидивирует после аспирации, ее можно повторно перфорировать через 2-4 недели. Склеротерапия включает аспирацию кистозной жидкости и введение склерозирующего вещества в кистозную полость. Аспирированная жидкость подвергается обычному патологическому исследованию и, при необходимости, анализу на паратиреоидный гормон (ПТГ) для исключения паратиреоидных кист.