Предполагается, что гонорея в наибольшей степени ассоциируется с мужским бесплодием. Механизм возникновения включает поражения половых органов и репродуктивного тракта, такие как орхит и эпидидимит, вызванные гонореей, или вызванные гонореей мужской уретрит, везикоуретерит, васкулит, простатит, стеноз уретры, возникающие на более поздних стадиях развития репродуктивного тракта стеноз и атрезия могут быть вторичными по отношению к бесплодию. Основным осложнением гонореи у женщин является гонорейное воспалительное заболевание органов малого таза, при котором хроническое воспаление фаллопиевых труб может привести к спайкам, закупорке, выпоту и т.д. труб, что часто приводит к бесплодию или внематочной беременности. Чем выше число гонококковых инфекций, тем выше частота бесплодия. Кроме того, гонорея может представлять опасность для будущего поколения. При инфицировании беременной женщины гонореей в небольшом числе случаев могут возникнуть внутриамниотические инфекции, послеродовая септицемия и т.д. Возможно инфицирование плода или нарушение его развития в матке, что приводит к преждевременным родам, мертворождению или неонатальной септицемии и неонатальному гонорейному конъюнктивиту.