Хирургическое иссечение поражения является основным методом лечения. Если поражение ограничено крайней плотью, может быть проведено обрезание, но есть статистика, что частота рецидивов может достигать примерно половины. Если опухоль вторгается в головку полового члена, может быть также проведено частичное иссечение полового члена, обычно на расстоянии 2 см от опухоли, что является достаточным. При раке полового члена без клинически пальпируемого увеличения паховой области рутинное иссечение паховых лимфатических узлов в настоящее время не рекомендуется, поскольку более половины пациентов могут не иметь метастатических поражений, а некроз кожи, инфекция, тромбоэмболия легочной артерии и позднее лимфатический отек нижних конечностей, вызванные процедурой иссечения, встречаются довольно часто и причиняют пациентам ненужную боль. Если имеются клинически подозрительные метастазы (например, увеличенные лимфатические узлы), можно взять биопсию, при необходимости выполнить серийные срезы и при наличии метастазов провести дебридмент лимфатической системы. Рутинное одновременное иссечение лимфатических узлов с обеих сторон обычно не рекомендуется.