Абсцессы печени вызываются патогенными микроорганизмами, такими как бактерии, грибки и простейшие. К распространенным патогенным бактериям относятся кишечная палочка, анаэробные кокки, Aspergillus, Staphylococcus aureus и Klebsiella. Распространенные пути заражения включают инфекции, вызванные желчью, инфекции портальной венозной системы и инфекции, передающиеся с кровью через печеночную артерию.