Мальокклюзия не является типичным моногенным заболеванием, но она имеет четкую тенденцию к семейному течению и является полигенной. На развитие зубов и челюстных органов влияют как генетические, так и средовые факторы. В целом, основная морфология челюстей в большей степени определяется генетическими факторами, в то время как стоматологические характеристики в большей степени зависят от факторов окружающей среды. Некоторые виды неправильного прикуса имеют более выраженную генетическую предрасположенность, например, протрузия нижней челюсти и передний открытый прикус. Была изучена генеалогия немецкой королевской семьи, и было обнаружено, что у девяти последовательных поколений присутствовал передний нижнечелюстной недокус. Генетика может определять основную форму челюсти и лица человека, но многие аномалии не предопределены при рождении, а развиваются постепенно в ответ на неблагоприятные факторы окружающей среды, поэтому многие аномалии можно предотвратить или прервать их развитие.