Патогенез хондромаляции надколенника до конца не изучен, и в целом считается, что она обусловлена хроническим повреждением хрящевой поверхности надколенника. Оно в основном связано с анатомическими аномалиями, длительным износом сустава и неправильным питанием сустава, в дополнение к прямой травме коленного сустава и упражнениям с перегрузкой коленного сустава, которые могут вызвать хондромаляцию надколенника.