Существует множество экстракраниальных патологий, вызывающих головную боль. Воспалительные заболевания, такие как простуда, грипп, тонзиллит и пневмония, вызывают воспалительные головные боли. Системные заболевания, такие как гипертония и сердечная недостаточность, также могут вызывать головную боль. Отравление угарным газом и алкоголем также может вызвать симптомы головной боли. Кроме того, могут наблюдаться шейный спондилез, грыжа шейного диска и головные боли напряжения мышц, вызванные чрезмерным сокращением мышц шеи. Существуют также одонтогенные головные боли, наблюдаемые при кариесе зубов. Отогенная боль, когда средний отит вызывает боль в ухе и голове. Хронический синусит может вызывать боль во лбу, обычно в конце дня. Нейрогенная боль наблюдается при невралгии тройничного нерва, невралгии большого затылочного нерва, а офтальмогенная головная боль может быть головной болью, вызванной глаукомой.