КТ и МРТ головы имеют свои преимущества и недостатки, и каждое из них подходит для разных условий. Она особенно полезна для пациентов с переломами черепа, кровоизлияниями в мозг, опухолями черепа, воспалительными поражениями, врожденными пороками развития, сосудистыми поражениями и кальцифицированными заболеваниями, для которых КТ более ценна, чем МРТ. КТ часто не подходит для пациентов, у которых в организме есть металл, что делает КТ преимуществом. МРТ больше подходит для лечения острого инфаркта головного мозга, энцефалита, демиелинизирующих заболеваний, артериальных опухолей, поражений белого вещества, гематом, врожденных аномалий мозга и заболеваний центральной нервной системы, когда можно более точно проследить взаимосвязь между поражением и прилегающими кровеносными сосудами. Кроме того, преимущество КТ заключается в сокращении времени обследования, быстром получении результатов и более низкой стоимости. Преимущества МРТ заключаются в том, что прибор более сложный, изображения более детальные, разрешение мягких тканей лучше, возможна многопараметрическая, разнонаправленная визуализация, позволяющая обнаружить более тонкие поражения, но стоимость относительно выше.