После гингивэктомии на месте травмы образуется кровяной сгусток, через несколько часов на травму мигрирует большое количество нейтрофильных полиморфноядерных гранулоцитов, через 9-13 часов эпителиальные клетки ротовой полости со стороны корня начинают переползать с края травмы на поверхность зуба, через 1-2 дня активность деления эпителия достигает пика, через 2-5 дней эпителий растет со скоростью 0,5 мм в день до поверхности зуба, через 5-14 дней тонкий слой эпителия полностью покрывает травму, но для кератинизации и полного восстановления эпителия требуется около 4 недель. Кератинизация и полное восстановление занимают около 4 недель. Через 24 часа после операции под кровяным сгустком начинает формироваться новая соединительная ткань, в основном грануляционная, содержащая новые капилляры, которая достигает максимума на 3-4-й день и разрастается в направлении коронки, формируя новую свободную десну на 5-7-й день, после чего эпителий начинает расти в направлении десневой борозды, формируя новый связующий эпителий на 4-5-й неделе после операции, который прочно прикреплен к поверхности зуба в виде гемибридирующих гранул и базальных пластинок. Примерно через 2 недели после гингивэктомии десна клинически выглядит нормально, формируется нормальная десневая борозда, однако полное гистологическое заживление происходит через 6-7 недель, а количество жидкости в десневой борозде увеличивается через неделю после операции и возвращается к норме примерно через 5 недель. Если во время операции полностью удалить первоначальный связующий эпителий, то после заживления наблюдается небольшая потеря уровня прикрепления и незначительная резорбция вершины альвеолярного гребня. Хотя процесс заживления после гингивэктомии одинаков, на длительность заживления влияют размеры операционной раны, местные раздражители и инфекция.