Редкие типы бородавок: (1) кератозная генитальная бородавка (keratinized genital wart) — утолщенная, кератинизированная поверхность, похожая на обычную бородавку или себорейный кератоз, в основном на сухих поверхностях; (2) гладкая папиллярная генитальная бородавка (smooth papillary genital wart) — куполообразная бородавка, похожая по цвету на кожу, часто на относительно сухих участках, таких как половой член, и других поверхностях кожи; (3) уплощенная бородавка (flattened genital wart). Врожденные бородавки трудно определить непосредственно невооруженным глазом, они являются субклиническим поражением, для выявления которого обычно требуются специальные методы (например, обработка поверхности кожи 3%-5% раствором уксусной кислоты).