ЭКО второго поколения, или ЭКО второго рода, обычно отбирает относительно качественные сперматозоиды из толпы сперматозоидов под микроскопом с помощью таких методов, как градиентное центрифугирование, и завершает оплодотворение с помощью инъекции одного сперматозоида, но отобрать лучшие сперматозоиды невозможно. ЭКО второго поколения позволяет эффективно уменьшить недостатки процесса оплодотворения, отсеять большинство относительно плохих сперматозоидов и отобрать высококачественные сперматозоиды с хорошей подвижностью и морфологией, что повышает процент успешного оплодотворения. Кроме того, хотя ЭКО II позволяет отобрать относительно качественные сперматозоиды для оплодотворения, при слишком низком качестве спермы самого пациента провести скрининг достаточно сложно. Пациенты, которым необходимо проведение ЭКО и качество спермы которых слишком низкое, перед проведением ЭКО второго поколения могут следовать указаниям врача по улучшению качества спермы, уделяя внимание отдыху, воздерживаясь от курения и употребления алкоголя, а также занимаясь соответствующими физическими упражнениями. Для пациентов с обструктивной азооспермией для получения сперматозоидов и проведения оплодотворения может быть использована пункция яичка или эпидидимального отверстия.