Будучи иммунным органом тела, миндалины могут воспаляться при атаке патогенных микроорганизмов, таких как вирусы или бактерии. Для особых групп населения, таких как больные СПИДом, вероятность возникновения таких инфекций выше из-за недостатков их иммунной системы. При вирусной инфекции, вызывающей воспаление миндалин, для противовирусного лечения можно использовать противовирусные препараты широкого спектра действия, такие как рибавирин, а также симптоматическое лечение препаратами для облегчения фарингеальных симптомов и таблетками для облегчения симптомов боли в горле, а также уделять внимание большему отдыху, что обычно позволяет вылечиться. Кроме того, при тонзиллите в сочетании с бактериальной инфекцией, например, при гнойном тонзиллите, можно использовать пенициллин или цефалоспорин первого поколения для противоинфекционного лечения. Симптоматическое лечение аналогично лечению тонзиллита в случае вирусной инфекции, которое основано на снятии боли в горле и уделении внимания отдыху и легкой диете.