Супрауретральную расщелину можно лечить хирургическим путем.
Однако операция при супрауретральной расщелине очень сложна. Хирург должен относительно хорошо разбираться в анатомии таза, мочевого пузыря, полового члена и уретры, полностью понимать патологические особенности супрауретральной расщелины и уделять внимание защите кровеносных сосудов и нервов, иннервирующих половой член, во время операции, чтобы добиться максимальной функциональной реконструкции полового члена и уретры. Реконструкция шейки мочевого пузыря также очень сложна и требует реимплантации мочеточника и реконструкции мышц шейки для достижения контроля над мочеиспусканием.