Рефлюкс желчи и рефлюкс-эзофагит — это два разных типа заболевания. Рефлюкс-эзофагит вызывается вялостью кардии, что приводит к рефлюксу желудочной кислоты через кардию в пищевод, вызывая тем самым ощущение жжения в пищеводе; рефлюкс желчи — это рефлюкс желчи из двенадцатиперстной кишки через пилорическое отверстие в желудок. Поэтому патогенез рефлюкс-эзофагита отличается, поскольку веществом, повреждающим слизистую желудка и пищевода при рефлюкс-эзофагите, является желудочная кислота, тогда как веществом, повреждающим слизистую желудка и пищевода при желчном рефлюкс-гастрите, является желчь. Однако рефлюкс желчи через кардию в пищевод может вызвать такое же повреждение слизистой оболочки пищевода, как и рефлюкс-эзофагит, и микроскопический вид обоих случаев совпадает.