Лечение эндометриоза должно рассматриваться комплексно, с учетом возраста пациентки, симптомов, расположения и степени поражения, а также требований к фертильности. Во-первых, те, у кого легкие поражения, бессимптомные или слабые симптомы, обычно могут наблюдаться раз в несколько месяцев. При слабой боли во время менструации симптоматическое лечение проводится с помощью ингибиторов простагландинов. Во-вторых, пациенты, желающие иметь детей, должны пройти различные тесты на бесплодие. В-третьих, пациентов с легкой формой заболевания следует сначала лечить медикаментами. В-четвертых, для тяжелых пациентов, нуждающихся в сохранении фертильности, следует проводить операцию по сохранению фертильности. В-пятых, молодым пациенткам с тяжелыми случаями заболевания, не имеющим требований к фертильности, следует проводить операцию по сохранению функции яичников и после операции лечиться половыми гормонами. В-шестых, для пожилых тяжелых пациентов, не нуждающихся в репродуктивной функции, следует рассмотреть возможность радикальной операции.