Прогноз для детей с врожденной диафрагмальной грыжей зависит от типа и тяжести грыжи. В целом, дети без осложнений или с тяжелыми пороками развития имеют хорошие хирургические результаты и высокий процент выживаемости; дети с такими осложнениями, как дисплазия легких, стойкая легочная гипертензия, ишемический некроз грыжевых органов брюшной полости, хромосомные аномалии плода или другие тяжелые пороки развития, имеют относительно низкий процент выживаемости.
В последние годы разрабатываются методы неонатального лечения, такие как ЭКМО, и выживаемость детей с врожденной диафрагмальной грыжей значительно увеличилась.