Из-за специфического расположения кисты оболочки подошвенного сухожилия, которое часто подвергается трению и давлению, рекомендуется проводить агрессивное лечение кисты, как только она была диагностирована. Как правило, существует три способа лечения: первый способ заключается в выдавливании кисты руками, но частота рецидивов относительно высока, потому что, хотя киста сдавливается и жидкость рассеивается в окружающие ткани, стенка кисты не удаляется, поэтому частота рецидивов относительно высока. Второй метод — локальная пункция, после которой вводятся гормоны, такие как депо-провера, преднизолон и т.д., обычно раз в 5-7 дней, 2-3 раза подряд. Некоторые пациенты могут быть излечены этим методом, но это также лечение с относительно высокой частотой рецидивов. Третий метод, имеющий самый низкий процент рецидивов и наиболее полное лечение, — хирургический.