Операция по удалению кисты шишковидной железы является рискованной и инвазивной, поскольку область шишковидной железы находится глубоко в центральной части мозга, в области, густо населенной кровеносными сосудами, нервами и важными тканями мозга, и операция может привести к серьезным осложнениям, вызывая нарушение движения глаз, диплопию, интраоперационное кровоизлияние, послеоперационную гемиплегию и даже кому и смерть. Кисты шишковидной железы нелегко оперировать, если только киста не вызывает обструктивную гидроцефалию, приводящую к головной боли, тошноте, рвоте или даже коме. Операция обычно проводится путем краниотомии — иссечения кисты через нижнюю затылочную мозжечковую оболочку, при этом необходимо позаботиться о защите важных структур, таких как крупные мозговые вены, окружающие кисту.