Анальный свищ необходимо лечить хирургическим путем, то есть посредством операции. Поскольку анальный свищ — это инфицированная трубка, соединяющая анальный канал, прямую кишку и кожу перианальной области, медикаменты способны только облегчить боль и симптомы гноя, проявляющиеся во время острого приступа анального свища, и не могут достичь цели его лечения. Хирургическое лечение — единственный способ вылечить свищ. При низкосортных свищах для лечения свища может быть проведена прямая фистулотомия; при высокосортных свищах и подслизистых свищах прямой кишки может быть проведена фистулотомия с наложением внутренних швов из-за сложной формы свища и прохождения через анальную рапу. Длительно не леченные или не поддающиеся лечению свищи имеют определенную тенденцию к перерождению в рак, поэтому им следует уделять клиническое внимание. Кроме того, пациентам с тяжелыми основными заболеваниями, такими как сердечная недостаточность, дыхательная недостаточность и почечная недостаточность, рекомендуется консервативное лечение с применением лекарственных препаратов для контроля количества эпизодов анального свища.