Кислый стул в основном вызывается расстройствами пищеварения, такими как хронический панкреатит, хронический активный гепатит, дефицит ферментов слизистой оболочки кишечника и другие нарушения внутрипросветного пищеварения, а также нарушениями всасывания слизистой оболочки кишечника, такими как мекониевая энтеропатия и тропический стоматит диарея, которые могут привести к плохому перевариванию или всасыванию жиров и сахаров, что приводит к кислому стулу. Кроме того, неправильное питание, например, употребление слишком большого количества жирной пищи за один раз, также может привести к кислому стулу.