Кислый стул чаще всего наблюдается при таких нарушениях пищеварения, как хронический панкреатит, хронический активный гепатит, дефицит ферментов слизистой оболочки кишечника и другие нарушения внутрипросветного пищеварения, а также при нарушениях всасывания слизистой оболочки кишечника, таких как мекониевая энтеропатия и тропическая стоматитная диарея.