Поскольку ВМИ предполагает введение спермы в полость матки, существует риск осложнения инфекциями репродуктивных путей. Имеются сообщения об инфекциях органов малого таза, связанных с внутриматочной инсеминацией за рубежом, но частота таких случаев невелика. Интраоперационная асептика и добавление пенициллина и стрептомицина в культуральную жидкость могут быть эффективными в предотвращении инфекции. Использование перколла и метода восходящего потока может быть более эффективным в снижении количества бактерий в сперме. Кроме того, так как при внутриматочной инсеминации часто проводится стимулирование овуляции, существует риск развития синдрома гиперстимуляции яичников, среди которых частота тяжелого синдрома гиперстимуляции составляет около 1%. Многоплодная беременность и выкидыши также являются сопутствующими заболеваниями, а частота многоплодной беременности и самопроизвольных выкидышей может достигать 20-30% у пациенток с внутриматочной инсеминацией для достижения беременности. Также сообщалось об образовании антиспермальных антител в женском репродуктивном тракте, причем частота положительных антиспермальных антител у женщин после внутриматочной инсеминации составляет приблизительно 4-8%.