Причина и патогенез расщелины нёба до конца не изучены, но известна генетическая связь.
У пациентов с расщелиной нёба наблюдалось развитие подобных деформаций у их ближайших или дальних родственников, но из этого не следует, что если у отца или матери расщелина нёба, то и у ребенка будет это заболевание.