Неонатальный сепсис, при своевременном лечении, протекает относительно благополучно и не приводит к смерти. Если болезнь достигает продвинутой стадии, вплоть до инфекционного шока, смертность выше, и выживание длится не более трех дней, также в зависимости от ребенка. Неонатальный сепсис вызван бактериальной инфекцией с положительными результатами посева крови, при этом большинство лейкоцитов, прокальцитонин и С-реактивный белок значительно повышены. Эмпирическое антиинфекционное лечение назначается до получения результатов посева крови. После получения результатов посева крови назначается антиинфекционное лечение, основанное на результатах посева крови. Люмбальную пункцию необходимо проводить у детей с неонатальным сепсисом из-за возможности развития септического менингита вследствие плохо развитого гематоэнцефалического барьера и слабой сопротивляемости организма ребенка.