Атрезию желчевыводящих путей очень трудно диагностировать у плода, поскольку нет очевидных анатомических аномалий или имеются лишь незначительные изменения, которые трудно диагностировать с помощью УЗИ. Ультразвуковое исследование обычно проводится до 24-й недели беременности, и даже если есть незначительные симптомы, их трудно проявить из-за различных факторов плода и матери. Желчный пузырь плода также является частью билиарной системы. У очень небольшого процента плодов с билиарной атрезией во время 4D УЗИ желчный пузырь будет отсутствовать. Прогноз во всех случаях билиарной атрезии неблагоприятный. Если желчный пузырь не показан во время 4D УЗИ плода, то требуется тщательное наблюдение или дальнейший амниоцентез для проверки на пищеварительные ферменты. Даже в этом случае трудно диагностировать билиарную атрезию во внутриутробном периоде. Врожденная билиарная атрезия редко встречается в клинической практике и не может быть выявлена пренатально, поэтому в ультразвуковой медицине проводится меньше исследований для выяснения врожденной билиарной атрезии плода.