Большая часть вируса может быть удалена через 3 месяца после лечения, если нет рецидива. 90% иммунной системы пациентов постепенно уничтожит оставшийся ВПЧ в течение примерно двух лет после лечения, и очень редко у пациента может быть рецидив ВПЧ-инфекции в течение длительного времени. Пациенты, длительное время принимающие иммуносупрессивные препараты, например, или больные диабетом или СПИДом. У этих пациентов происходит длительная и многократная борьба между вирусом ВПЧ и иммунной системой, но в целом иммунная система обычно способна уничтожить вирус.