Основная опасность СПИДа заключается в том, что вирус поражает иммунную систему организма. Поскольку вирус продолжает реплицироваться в организме инфицированного человека, иммунная система постепенно нарушается, и количество Т-лимфоцитов CD4+ снижается, что приводит к развитию вторичных инфекций, таких как пневмоцистная пневмония, криптококковый менингит, гигантоклеточный ретинит и др. Снижение иммунной функции также приводит к развитию специфических опухолей, таких как злокачественная лимфома и саркома Капоши. Большинство людей со СПИДом в конечном итоге умирают от вторичных инфекций, поэтому после установления диагноза СПИДа необходимо как можно скорее начать лечение антиретровирусными препаратами, чтобы избежать снижения иммунной функции.