У женщин гипогонадизм обычно вызван снижением функции яичников и уменьшением выработки эстрогена и прогестерона. Снижение выработки эстрогена и прогестерона иногда может привести к снижению либидо, уменьшению вагинальных выделений и даже к болезненному и затрудненному половому акту у женщин. При таком состоянии проверяется тест на 6 женских половых гормонов и функция щитовидной железы.