Во время процедуры лазерной литотрипсии пациент находится под анестезией, обычно под общим наркозом, и пациент не находится в сознании. Это связано с проникновением в почку различных малоинвазивных инструментов, вызывающих застой и отек слизистой оболочки почечной лоханки, поэтому после операции может наблюдаться кратковременный период боли. Лазерная хирургия камней в почках — это минимально инвазивная процедура, которая позволяет не делать разрезов на поверхности тела, поэтому нет боли, связанной с разрезами на теле при первоначальной традиционной процедуре. Существует также процедура под названием чрескожная гольмиевая нефролитотомия для лечения камней в почках, которая требует проведения канала в нижней части спины с отверстием около 1 см, что может быть слегка болезненным для кожи, но эта боль также относительно слабая и хорошо переносится пациентом.