У ряда пациентов после лечения могут оставаться повторные приступы, которые могут быть связаны с субклинической инфекцией, латентной инфекцией или реинфекцией. После повторного лечения большинство таких пациентов могут контролировать рецидивы, но есть и долгосрочные носители вируса, которые могут исчезнуть со временем по мере улучшения иммунного статуса организма. Долгосрочное носительство вируса может увеличить частоту возникновения некоторых опухолей половых органов, таких как рак шейки матки и вульварная сквамозная карцинома. Уровень естественной регрессии кондиломы акумината колеблется в пределах 0-69%.