В тяжелых случаях ГФМД в крови часто заметно повышены лейкоциты и глюкоза, в некоторых случаях повышены АЛТ, АСТ и cK-MB. Спинномозговая жидкость прозрачная, с повышенным давлением, повышенными лейкоцитами, нормальным или слабо повышенным белком, нормальными сахарами и хлоридами. Аномальные изменения можно увидеть на МРТ черепа, при этом преобладает поражение серого вещества ствола головного и спинного мозга.